Відповідно до статуту Спортивного комітету України органами управління спілкою є: генеральна асамблея, виконавчий комітет, президія та президент.
Генеральна асамблея – вищий орган управління СКУ, який складається з уповноважених представників спортивних федерацій, членів СКУ. Чергова сесія Генеральної асамблеї скликається не рідше одного разу на рік.
Виконавчий комітет — вищий керівний орган СКУ у період між сесіями генеральної асамблеї. Виконком формується строком на 4 роки звітно-виборчою генеральною асамблеєю, на якій визначається його кількісний склад.
Президія — постійно діючий керівний орган СКУ, який здійснює поточне управління спілкою. Президія формується за посадовим принципом звітно-виборчою генеральною асамблеєю строком на 4 роки.
Президент СКУ обирається з числа представників членів СКУ звітно-виборчою Генеральною асамблеєю строком на 4 роки.
Виконавча дирекція – апарат СКУ, який створений для виконання поточних завдань, вирішення питань матеріально-технічного та інформаційного забезпечення основної діяльності спілки.